不是元字改成玄字，是玄字改成元字，是因为清代为避讳康熙的名字玄烨的玄字而把玄字改成元字。
玄（拼音：xuán）是现代汉语次常用字，较好早见于甲骨文。其本义是赤黑色，赤黑色颜色较为模糊，由此引申出深奥，玄妙等意思。玄为悬的古字，表示由绳悬挂，又引申出天空，幽远等意。
元（拼音：yuán）是汉语通用规范一级字（常用字）。此字始见于商代甲骨文及商代金文，其古字形像头部突出的侧立的人形，本义即人头。头位居人体相对较高处，而且功能非常重要，因此引申表示首要的、排名较好的。也用来表示天地万物的本源，含有根本的意思。
首先更正一下你的问题。清代是把玄改为元。因为要避讳，古代要避讳皇帝或者圣贤的名讳以示尊重。清代圣祖康熙的名字是爱新觉罗玄烨是开创了康乾盛世的明君，所以清代以后皇帝为了避讳圣祖爷康熙的名讳所以就把玄改为元，以示尊重
不是把玄改成玄，而是是把玄改成元，因为康熙的名字叫玄烨，是为了避他的讳，所以把玄都改成元。比如玄参，改为元参，玄黄，改为元黄。